Стефан Попов е автор на книгите Езикът на кухите фрази. Критика на политически метафори (НБУ, 2020), Декарт и математизацията на света (Алтера, 2017), Атлантис: Дезинтеграция на политически тела (Обсидиан, 2016), Obiectum Purum: Увод във феноменологията на Рене Декарт (Литературен вестник, 2015), Публичен процес. Статии. Том I и II (Сиела, 2015), Витгенщайн: Аналитика на мистическото (Алтера, 2008), NATO’s Global Mission in the 21st Century (Brussels: NATO, 2000), както и на книга за спорт, Модерна ски техника (НБУ, 2019). Професор по философия и социология в Нов български университет.